NEJM：艰难梭菌的感染源其实更复杂

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艰难梭状芽孢杆菌（Clostridium difficile）是一种常见的厌氧细菌，会产生肠毒素和细胞毒素，导致住院病人腹泻。人们通常认为，艰难梭菌的感染主要是在医院环境下传播的。然而，根据《新英格兰医学杂志》上的最新报道，事实可能并非如此。

牛津大学和利兹总医院的研究人员在3年半的时间内，对 1,000 多位患者的样本进行了全基因组测序，这些患者在牛津郡医院或社区医院中被诊断带有艰难梭菌感染。

序列分析的结果表明，在那段时间发生的近一半新感染所涉及的分离株在遗传上明显不同，不大可能是由其他患者传播的。此外，相当一部分分离株与早期感染有着遗传关联，但在流行病学上却无法与另一位患者或医院来源相关联。

文章的通讯作者，英国国家健康研究所（NIHR）牛津生物医学研究中心的 David Eyre 谈道：“这些数据表明，对于大部分病例，艰难梭菌感染并不是由另一位有症状的患者传播的。”

研究人员指出，遏制艰难梭菌感染的做法主要集中在预防表现出明显症状的个体的传播。但一整套潜在的艰难梭菌还未完全鉴定出，说明感染也可能来自其他来源，包括无症状的患者及更广泛的环境，如水、农场动物或宠物，以及食品。

为了深入了解一个社区内的传染源，研究小组利用 Illumina 的测序仪，从 2007 年 9 月到 2011 年 3 月对 1,250 个艰难梭菌分离株进行了测序，这些分离株来自牛津郡有明显症状的个体。

通过 1,223 个成功测序的分离株，研究人员追踪了 SNP，借此来描绘分离株之间的关系并确定某些传播模式。例如，研究人员发现，对2008年春天之后收集到的 957 个样本，约 1/3 分离株（333 个）与一个早期分离株有着密切的遗传关联，差异不超过 2 个 SNP。

在流行病学数据的协助下，研究人员确定，在这333个病例中，约 38%（126 个）是由另一位感染的个体直接传播。其他传播事件则包括病房内的传播和/或其他形式的医院接触。即便如此，还有120个病例无法追溯到医院中的潜在感染源。

同时，还有428个分离株（45%）与2008年之前的病例有不止10个SNP差异。这暗示了其他的传播路线，可能是那些携带艰难梭菌但未表现出症状的个体。

作者写道：“一些带有遗传上不同的分离株的患者也许是从牛津郡之外的来源获得艰难梭菌感染，但考虑到患者的平均年龄在78岁，他们更有可能是从无症状的个体或其他一些环境因素中获得的。”

原文检索：

David W. Eyre, Madeleine L. Cule, Daniel J. Wilson, David Griffiths, Alison Vaughan, Lily O'Connor,Camilla L.C. Ip, Tanya Golubchik, Elizabeth M. Batty, John M. Finney,David H. Wyllie, Xavier Didelot, Paolo Piazza, Rory Bowden, Kate E. Dingle, Rosalind M. Harding, Derrick W. Crook,  Mark H. Wilcox, Tim E.A. Peto, and A. Sarah Walker. Diverse Sources of C. difficile Infection Identified on Whole-Genome Sequencing. N Engl J Med, September 26, 2013; DOI: 10.1056/NEJMoa1216064