NAR：营养所研究人员利用高通量测序技术揭示SRSF10调控mRNA...

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NAR：营养所研究人员利用高通量测序技术揭示SRSF10调控mRNA选择性剪接的新机制

1月18日，Nucleic Acids Research在线发表了中科院上海生科院营养科学研究所冯英组的最新研究进展：“Transcriptome analysis of alternative splicing events regulated by SRSF10 reveals position-dependent splicing modulation”，该研究基于高通量转录组测序（RNA-seq）技术结合生物信息分析，首次揭示了选择性剪接蛋白SRSF10在细胞内调节的靶底物以及其调控mRNA选择性剪接的机制。
近年来，随着二代测序技术的飞速发展，测序已成为研究基因组和转录组的重要手段之一。高通量转录组测序技术（RNA-seq）可用于检测基因表达差异、融合基因、未知或稀有转录本、以及mRNA选择性剪接等研究领域。
SRSF10是经典的SR蛋白家族成员之一，已有研究表明，SRSF10在体外是一个序列特异性的剪接激活蛋白，但是其在体内的剪接调控靶点及作用机制，目前仍然不清楚。
在冯英研究员指导下，博士生周雪霞和博士后吴文武博士等利用RNA-seq技术，并结合自主研发的选择性剪接java软件（软件名称：Alternative Splicing Detector：ASD, 网址：http://www.novelbio.com/asd/ASD.html),在鸡细胞系DT40中，寻找受SRSF10调节的体内剪接底物。研究发现， SRSF10同时具有增强外显子接入和抑制外显子接入的双重功能；Motif分析发现，外显子的接入与否与SRSF10的结合位点在调控外显子上的分布有关。进一步研究表明：SRSF10所调控的剪接事件多为应激或凋亡相关的基因。SRSF10敲除的DT40细胞对内质网应激诱导的凋亡更为敏感，提示其可能通过调节应激相关基因的选择性剪接，控制着内质网应激下的细胞存活能力。
该研究加深了人们对于SRSF10在体内调节的剪接网络和机制的理解，为深入研究SRSF10在细胞存活能力中的作用和机制提供了新线索。