《Nature》发布表观基因组学图谱

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基因组中表观遗传变化是能遗传的，近期来自Salk生物学研究所等处的一组研究人员完成了一项野生植物表观基因组学全范围内的研究分析，从中发现了这种修饰与遗传信息相互作用的共同模式。这一成果公布在3月7日Nature杂志在线版上。
文章通讯作者是Salk研究所的著名教授Joseph R. Ecker，他是国际植物分子生物学和植物基因组学研究领域的著名学者。曾作为主要负责人之一参与了拟南芥全基因组测序工作，拟南芥全基因组功能基因T-DNA文库构建，拟南芥功能基因全长cDNA文库构建，拟南芥全基因组表观遗传学测序工作。同时，Joseph R. Ecker教授在植物激素研究尤其是乙烯信号转导研究方面做出了突出贡献。
我们早已知晓，基因携带了遗传指令，能从一个个体传递给其后代。近年来的研究又指出，个体的表观基因组（基因组上的不会改变DNA序列的化学和结构修饰）也可能参与了遗传指令。
一种化学修饰：DNA甲基化被认为能靶向某种遗传元件，但是至今科学家们仍不清楚，这种标记中有多少比例是与遗传信息完全分离开来的。这篇论文通过分析模式植物拟南芥的基因组和表观基因组，解析了与DNA序列中出现的突变有关的从头甲基化。
研究人员从北半球各地收集了基因型不同的野生拟南芥，进行了详细的群体水平分析。他们对217株植物进行了全基因组DNA测序，其中152株进行了全基因组甲基化图谱分析，144株进行了基因转录图谱分析。
通过这些数据，研究人员在一些个体（单甲基化多态性，single methylation polymorphisms, SMPs，生物通译）单个单核苷酸上找到成百上千种个甲基化位点，以及上万个差异甲基化区域（Differentially Methylated Regions，DMRsC），几乎所有的印迹基因都有一些序列成份在两个不同亲本来源的等位基因中仅有一方是甲基化，这些序列被成为“差异甲基化区域“