[转]12个肿瘤类型的基因组“景观”

牙不是笑掉的

作为“癌症基因组图谱”之Pan-Cancer项目的一部分，本文作者发表了对来自超过3000个肿瘤、代表12个肿瘤类型的点突变和小“得失位”所做的数据分析。他们的发现包括127个显着突变的基因，它们来自与癌症有已经确定的联系和新发现联系的细胞过程。他们还发现，肿瘤形成所需的驱动突变的数量是相对较小的。进一步的分析还识别出了对存活有显着影响的基因以及肿瘤发生过程中的突变事件的可能时间顺序。

来自华盛顿大学医学院的科学家们通过检测12种主要的癌症类型，鉴别出了127个似乎驱动了机体众多肿瘤发生与发展的多次突变基因。这一研究发现为设计出新的诊断工具及更个体化的癌症治疗创造了条件。相关论文发表在著名科学期刊《自然》（Nature）杂志上。

论文的资深作者是华盛顿大学基因研究所的丁莉（Li Ding）博士，其早年毕业于复旦大学，是世界著名的基因科学家。近期汤森？路透（Thomson Reuter）旗下的ScienceWatch网站，通过分析论文的引用次数，筛选出了2012年度“最热门的科学家“，全球有21位科学家入选，丁莉博士榜上有名。 新研究表明通常在某些癌症中发生突变的一些基因，也存在于看似无关的肿瘤中。例如，一种在25%的白血病病例中发生突变的基因，也被发现存在于乳腺癌、直肠癌、头颈部癌、肾癌、肺癌、卵巢癌和子宫癌中。

基于这些研究结果，研究人员设想采用一种测试来检测一组癌基因中的错误，最终有可能成为大多数癌症标准诊断检查的一个组成部分。这样的检测结果有可能会基于患者独特的遗传特征来指导治疗决策。

由于基因组测序的发展，科学家们能够以比数年前更快的速度，更便宜的价格对癌细胞DNA展开分析，因而使得生成一些关于癌症的新见解成为可能。尽管早期的基因组研究通常侧重于个别肿瘤类型，当前的研究则是率先聚焦多种不同癌症类型的研究之一。

丁莉博士说：“这仅仅是一个开始。许多的肿瘤科医生和科学家们都想知道，是否有可能能够提出一个导致所有人类癌症的癌基因完整清单。我认为我们正越来越接近它。”

新研究分析了来自3，281个肿瘤的基因——这些肿瘤汇集了乳腺癌、子宫癌、头颈部癌、结直肠癌、膀胱癌、肾癌、卵巢癌、肺癌、脑癌和血癌。除发现了不同癌症中基因之间的一些共同联系，研究人员还鉴别出了一些特定癌症类型独有的突变。

检测跨越许多不同癌症类型的大量肿瘤，为研究人员提供了必要的统计效力来鉴别显着突变基因。这些频繁发生于某些癌症，而在另一些癌症中很少存在的遗传错误，被认为对于癌症生长极其重要。

尽管肿瘤中突变基因的平均数量随癌症类型各异，大多数的肿瘤都只有2-6个驱动癌症的基因突变。研究人员说，这或许就是为何癌症如此常见的一个原因。“尽管体内的细胞多年来不断地累积新突变，将一个健康细胞转变为癌细胞则只需要重要驱动基因的少数几个突变，”丁莉说。

包括共同第一作者、华盛顿大学的Cyriac Kandoth博士和Michael McLellan，以及合作者、布朗大学的Benjamin Raphael博士在内的科学家们，鉴别出了对于生存具有重要影响的基因。

TP53，一种众所周知的癌相关基因，其在不同的癌症类型中最为常见。它被发现存在于42%的样本，尤其是在肾癌、头颈部癌和急性髓细胞性白血病中，与不良预后相关。

另一个基因BAP1也与不良预后有关，特别是在肾癌和子宫癌患者中。

而乳腺癌基因BRCA2突变则与卵巢癌生存率增高相关，IDH1错误与一种尤其具侵袭性的脑瘤——成胶质细胞瘤及其他的癌症类型预后改善相关。

华盛顿大学基因组研究所目前正在开展一项寻找其他癌基因的研究。制定出一张更全面的癌基因列表有可能为改善癌症诊断，指导治疗决策提供支持。

“由于我们现在知道，例如在白血病中突变的基因也可以在乳腺癌中发生改变，肺癌中的遗传错误也可以出现在结直肠癌中，我们认为开发出一种纳入所有的癌基因的诊断测试将是完美的。这将能够为我们提供更为完整的肿瘤发生事件图像，并且可以利用这些信息来制定治疗决策，”丁莉说。