其它一些资金来源也会受到苏格兰独立的影响。医学研究慈善协会（Association of Medical Research Charities）的成员在2011年向科研领域资助了11亿英镑（约合109亿人民币），其中的13%用在了苏格兰。该协会最富裕的成员——位于伦敦的惠康基金会（Wellcome Trust）表示，如果苏格兰独立，他们不太可能会完全停止资助，但是会对苏格兰当地研究所的资质进行审查。
今年7月，英格兰遗传学家，英格兰皇家学会（the Royal Society）现任会长保罗·纳斯（Paul Nurse）在爱丁堡大学的一次演讲中，表达了他对苏格兰独立问题的担心。他认为英国和苏格兰国界的建立会妨碍开放、通畅和动态的学术交流，而这正是科学赖以生存的土壤。
另外，苏格兰在科学界决策制定方面的影响力也会受到影响。彭宁顿认为，如果独立后的苏格兰加入了像欧洲航天局（European Space Agency）这样的大型组织，组织中的发言权都掌握在大国手中，像苏格兰这样的“小国”根本毫无影响力。还有一些科学家担心，苏格兰的科研范围可能会变得更窄。一个不愿透露姓名的苏格兰资深科学家提到，他更倾向于接受来自伦敦或斯温顿（英国研究理事会所在地）的科研资金决策，而不是受几个“重要人物”操控的小型科学团体。
那些支持独立的学者们则不理会这些担心。他们更关心独立给苏格兰带来的机遇。土地经济学家，阿伯丁大学副校长布莱恩·麦格雷戈（Bryan MacGregor）是支持苏格兰独立的组织Academics for Yes的成员，他认为这是一个让政府投入更多科研资金的机会。他说：“在英国，我们在研究和发展上的花费已经比几乎所有竞争对手都要少了，而政府已经决定要继续削减公共支出，那么科研经费也肯定会受到影响。”
苏格兰本地政府的建立已经对苏格兰的科研有了积极影响。苏格兰政府采取了一些新的措施，包括建立支持大学与商业合作的改革中心，以及覆盖各个研究所的具有学科针对性的网络体系。英语学教授，苏格兰格拉斯哥大学副校长穆雷·皮托克（Murray Pittock）也是Academics for Yes组织的成员，他认为这种趋势会随着苏格兰的完全独立而继续发扬光大。